プロジェクトファイルを読み出すと保存前のスタイルに戻りますが、なぜでしょうか。

スタイルを保存しているXMLファイルがプロジェクトファイルと同じフォルダに保存されておりませんでしょうか。
プロジェクトファイルと同じフォルダにasstyle.xmlと言った名称のファイルが保存されているものと思われます。
XMLファイルにスタイル、カスタムメニューを保存し、次回のプロジェクトファイル読出し時に自動的に読み出してスタイルを更新する機能がございます。
詳細はヘルプの以下のトピックをご参照ください。
 「GUI」-「補足」-「XMLインポート・エクスポート(表示設定・カスタムメニュー)」
 ※「HelpNo.:743190」でも検索いただけます。
この機能を利用することで、MESユーザなどファイル保存できないユーザごとにスタイルを保存、適用することができますが、対象のXMLファイルが更新されていない場合は以前の状態が反映されることとなります。
必要がない場合は対象のXMLファイルを削除した後、プロジェクトファイルを読み出してください。