原因は、補充オーダに最遅終了日時が設定されていないことが考えられます。
自動補充フラグが「はい」に設定されている場合、
最遅終了日時が設定されません。
(「はい(1対1)」などの場合は設定されます。)
ディスパッチングルールで「オーダ最遅終了日時」のみをキーとしたとします。
この場合、自動補充されたオーダは最遅終了日時が設定されていないため、
最遅終了日時がセットされていないオーダの作業は後回しになります。
まず最遅終了日時がセットされているオーダの作業が割り付けられ、
その後、最遅終了日時がセットされていないオーダの作業が
オーダコード順で割り付けられてしまいます。
その後、割付け日時によっては紐付けが変わります。
このため、紐付けがおかしくなったり、
待ち時間が想像以上に長くなることがあります。
対策としては、以下の2つの方法が考えられます。
 ①紐付いている親オーダを含めた最早納期を参照するプロパティを
  ディスパッチングキーに登録します。
  例)
   オーダ最早納期(自オーダ+右側のオーダ) 降順
 ②「紐付け時補充製造オーダプロパティ設定式」を使用して、
  紐付いたオーダの最遅終了日時をコピーします。
  「スケジュール」-「計画設定」-「設定」タブで設定できます。
  ただし、この設定の場合、補充製造オーダが
  初めて他のオーダと紐付く時のみプロパティをセットしますので注意が必要です。